哥大CII如何通過(guò)分子手段診斷病原體,應(yīng)對(duì)全球傳染。
2020年春節(jié),因突如其來(lái)的新型冠狀病毒肺炎而變得寂寥冷清,沒(méi)有了往年的走親串戶(hù),也少了許多團(tuán)圓的盛宴,各方力量紛紛加入到這場(chǎng)抗疫大戰(zhàn)中。
傳染病史是與生物的出現(xiàn)及進(jìn)化史同在,占據(jù)了從史前到現(xiàn)代人類(lèi)疾病的大半江山,其可怕之處便在于病毒傳播速率極快,人們感染病情急重,在無(wú)醫(yī)療控制條件下,能夠迅速波及大片區(qū)域甚至全球。同時(shí),隨著全球化的發(fā)展,疾病的傳播也變得越來(lái)越快,感染范圍越來(lái)越廣。
正因如此,一場(chǎng)新型傳染病的爆發(fā)絕非一國(guó)之憂,此次武漢肺炎疫情發(fā)生后便得到了全球眾多醫(yī)療專(zhuān)業(yè)人士的關(guān)注,在國(guó)際流行病學(xué)領(lǐng)域有著“病毒獵手”之稱(chēng)的美國(guó)哥倫比亞大學(xué)教授伊恩·利普金(Walter Ian Lipkin)就是其中之一。
利普京教授是全球首個(gè)使用分子手段診斷病原體的科學(xué)家,有著超過(guò)30年的診斷、微生物發(fā)現(xiàn)和疫情應(yīng)對(duì)的經(jīng)驗(yàn)。在他看來(lái),“科學(xué)無(wú)國(guó)界,尤其在全球化時(shí)代,積極應(yīng)對(duì)、預(yù)防各類(lèi)傳染病威脅是各國(guó)科學(xué)家的共同使命!
此般理念之下,利普京教授在過(guò)往數(shù)十年間一直置身于世界疫情爆發(fā)的最前線,包括1999年的紐約西尼羅病毒疫情、2003年的中國(guó)SARS疫情、2012年至2016年的中東MERS疫情、2016年的美國(guó)寨卡疫情以及2017年的印度腦炎疫情。
除抗疫一線科學(xué)家外,利普京教授還有另一重身份,那就是美國(guó)哥倫比亞大學(xué)感染與免疫研究中心(the Center for Infection and Immunity,以下簡(jiǎn)稱(chēng)“哥大CII”)主任。該研究中心隸屬于哥倫比亞大學(xué)密爾曼公共衛(wèi)生學(xué)院,是世界知名的生物防御和新發(fā)傳染病研究中心,也是全球唯一一家學(xué)術(shù)性質(zhì)的世界衛(wèi)生組織診斷研究中心。
自2001年成立以來(lái),哥大CII便一直致力于全球公共衛(wèi)生健康研究,率先使用分子遺傳手段來(lái)發(fā)現(xiàn)新微生物,從而迅速確定傳染性病原體。同時(shí),該研究中心還制定了四大綜合性措施,以防御全球性瘟疫的爆發(fā)。
新型傳染病疫情應(yīng)對(duì)
應(yīng)對(duì)傳染病爆發(fā)至關(guān)重要的一點(diǎn)就是要在疾病監(jiān)測(cè)和爆發(fā)管理方面采取規(guī)范化方案。為此,哥大CII在超過(guò)40個(gè)國(guó)家及地區(qū)開(kāi)展了醫(yī)療合作項(xiàng)目,并持續(xù)推進(jìn)移動(dòng)診斷實(shí)驗(yàn)室的開(kāi)發(fā),以構(gòu)建具有凝聚力的全球公共衛(wèi)生系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò),對(duì)新出現(xiàn)的傳染病威脅做出即時(shí)響應(yīng)。
移動(dòng)診斷(來(lái)源:哥大CII官方網(wǎng)站)
在此情況下,哥大CII組織內(nèi)部的傳染病專(zhuān)業(yè)研究人員在過(guò)往多起傳染病疫情爆發(fā)應(yīng)對(duì)策略的制定方面發(fā)揮了不小的作用。1999年,該機(jī)構(gòu)首先確定了西尼羅河病毒是當(dāng)年紐約市腦膜炎爆發(fā)的原因;2003年,該機(jī)構(gòu)首次推出嚴(yán)重急性呼吸綜合癥(SARS)的敏感診斷試驗(yàn);2012年,該機(jī)構(gòu)成為了協(xié)助確定中東呼吸綜合癥(MERS)來(lái)源的唯一學(xué)術(shù)中心。
病原體識(shí)別和診斷
若要實(shí)現(xiàn)應(yīng)對(duì)和管理潛在的傳染病威脅,重點(diǎn)之一便是具備快速識(shí)別疾病病原體的能力,而這恰巧就是哥大CII的專(zhuān)長(zhǎng)所在。該研究中心擁有全球領(lǐng)先的分子微生物學(xué)設(shè)施,并率先通過(guò)使用分子遺傳手段來(lái)發(fā)現(xiàn)新微生物,從而得以迅速確定傳染性病原體。
病原體識(shí)別和診斷(來(lái)源:哥大CII官方網(wǎng)站)
據(jù)了解,醫(yī)療人員在確定病原體時(shí)通常會(huì)使用一項(xiàng)稱(chēng)為聚合脢連鎖反應(yīng)(PCR)的技術(shù),將零散的DNA“放大”到足夠大的樣本以供研究,但前提是醫(yī)務(wù)人員需要憑借經(jīng)驗(yàn)來(lái)確定自己要找何種類(lèi)型的病原體。而基于第二代測(cè)序原理,哥大CII先后發(fā)明了無(wú)需依靠經(jīng)驗(yàn)猜測(cè)的兩款新型診斷和監(jiān)測(cè)平臺(tái)——VirCapSeq-VERT和BacCapSeq。
官方資料顯示,VirCapSeq-VERT平臺(tái)能夠通過(guò)少許唾液、組織或脊髓液檢測(cè)中包含其中的所有病毒,而且可以同時(shí)分析21組樣本,并在48小時(shí)內(nèi)得到結(jié)果。同時(shí),該技術(shù)也能找出新型或突變的病毒,只要40%的基因符合已知病毒的基因即可。
BacCapSeq平臺(tái)則含有420萬(wàn)個(gè)遺傳探針,每個(gè)探針都能結(jié)合特異的序列以檢測(cè)所有307種致病菌的特征DNA,以及抗生素耐藥性和毒性的生物標(biāo)志物。據(jù)《mBio》期刊介紹,該平臺(tái)是世界上首個(gè)可以同時(shí)篩查所有已知的人類(lèi)致病菌,及其毒性和抗生素耐藥性標(biāo)志物的診斷平臺(tái)。
利普京教授曾在受訪中表示:“全球每年有近300萬(wàn)人死于急性下呼吸道感染等傳染性疾病,兒童和老年人尤為突出。而禽流感、MERS和SARS等新型病毒的爆發(fā),以及麻疹等疫苗可預(yù)防病毒的周期性爆發(fā),對(duì)全球健康安全造成極大的威脅。新平臺(tái)的推出將成為識(shí)別病毒和遏制疫情的重要工具。"
同時(shí),基于全球公共衛(wèi)生系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)的搭建,哥大CII研究人員每年從世界各地收集逾4萬(wàn)個(gè)生物樣本,利用先進(jìn)的病毒檢測(cè)方法來(lái)篩查病原體威脅,并建立用于疾病機(jī)理研究的動(dòng)物模型。發(fā)展至今,該機(jī)構(gòu)已研究發(fā)現(xiàn)蜱傳細(xì)菌和病毒在人類(lèi)疾病中的影響,進(jìn)一步證實(shí)了中東MERS病毒起源于蝙蝠的理論,以及發(fā)現(xiàn)在世界范圍內(nèi)蝙蝠都是大量冠狀病毒的主要攜帶體。
人畜共患疾病監(jiān)測(cè)
據(jù)世界衛(wèi)生組織定義,傳染病是由細(xì)菌、病毒、寄生蟲(chóng)或真菌等在內(nèi)的致病微生物所引起,疾病可直接或間接地在人與人之間傳播。而人畜共患疾病是動(dòng)物的傳染病,在傳播給人類(lèi)時(shí)也可引起疾病。
據(jù)悉,人類(lèi)的新型傳染病中有超過(guò)七成都被認(rèn)為可能源自于動(dòng)物,尤其是野生動(dòng)物。自從出現(xiàn)西尼羅河病毒、SARS和H1N1(豬流感)以來(lái),公眾則更加意識(shí)到人畜共患疾病和動(dòng)物傳染病所構(gòu)成的潛在威脅。
對(duì)此,哥大CII研究人員領(lǐng)導(dǎo)部署了野外實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目,重點(diǎn)監(jiān)視野生動(dòng)植物和家畜中的病毒,以了解和初步預(yù)測(cè)疾病是在哪個(gè)時(shí)間點(diǎn)、通過(guò)哪種途徑,從一種物種轉(zhuǎn)移到另一種物種上。同時(shí),科學(xué)家們還將對(duì)動(dòng)物棲息地的變化進(jìn)行調(diào)查,以了解病毒的進(jìn)化和發(fā)現(xiàn)新型病原體。
全球研究和培訓(xùn)項(xiàng)目
創(chuàng)新傳染病研究離不開(kāi)人才的持續(xù)培養(yǎng)和全球的資源協(xié)作。哥大CII目前已在19個(gè)國(guó)家培養(yǎng)了逾30位傳染病發(fā)現(xiàn)及診斷的研究人員,并與中國(guó)、孟加拉及沙特等國(guó)合作建立了聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室,對(duì)已發(fā)現(xiàn)的病原體進(jìn)行監(jiān)視,識(shí)別新型傳染性微生物,建立新診斷平臺(tái),以及進(jìn)行藥物和疫苗的開(kāi)發(fā)。
專(zhuān)業(yè)研究人員的培養(yǎng)(來(lái)源:哥大CII官方網(wǎng)站)
此次武漢疫情爆發(fā)后,利普京教授時(shí)隔17年再次來(lái)到中國(guó),帶領(lǐng)哥大CII的紐約團(tuán)隊(duì)共同研制新型冠狀病毒肺炎的測(cè)試試劑。他在受訪時(shí)談到:“此次疫情與非典肺炎相比,致死率較低,但傳播力較強(qiáng),傳染速度和擴(kuò)散面積超過(guò)后者,原因尚不清楚,F(xiàn)在可能低估了感染人數(shù),高估了致死率。因?yàn)榛颊邲](méi)有癥狀也可以傳染,存在隱形感染者!
紐約團(tuán)隊(duì)成員之一、病毒學(xué)家和分子生物學(xué)家米什拉博士(Nischay Mishra)近日對(duì)紐約當(dāng)?shù)孛襟wGathomist也表示,盡管世界衛(wèi)生組織報(bào)告指出此次新型病毒最主要的傳播渠道是有癥狀的患者,但在中國(guó)及其它國(guó)家都出現(xiàn)了無(wú)癥狀個(gè)體傳播的案例,因此從這類(lèi)沒(méi)有癥狀的患者中檢測(cè)出病毒成為了遏制病毒持續(xù)蔓延的關(guān)鍵。
米什拉博士還透露道,團(tuán)隊(duì)目前正與身在中國(guó)的利普京教授時(shí)刻連線,爭(zhēng)取在未來(lái)幾周內(nèi)開(kāi)發(fā)出一種檢測(cè)試劑,不僅能夠確診武漢肺炎患者的新型病毒,還可以識(shí)別和區(qū)分其它類(lèi)型的流感病毒。若試驗(yàn)順利的話,試劑在30到45天之內(nèi)就可以在中國(guó)投入使用。
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