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讓機器“讀懂”醫(yī)療 天衍實驗室獲CHIP2020評測兩大獎項

2020-12-23 17:16
來源: 粵訊

日前,第六屆中國健康信息處理大會(CHIP 2020)舉辦的中文醫(yī)學信息處理評測競賽圓滿結賽,騰訊天衍實驗室依托其在醫(yī)學領域的長期技術積累和創(chuàng)新探索,一舉獲得“中文醫(yī)學文本命名實體識別”賽道冠軍、“中文醫(yī)學文本實體關系抽取”賽道亞軍。

讓機器“讀懂”醫(yī)療 天衍實驗室獲CHIP2020評測兩大獎項

信息抽。↖E)技術方案突破升級

對于醫(yī)學領域的自然語言文獻,例如醫(yī)學教材、醫(yī)學百科、臨床病例、醫(yī)學期刊、入院記錄、檢驗報告等,這些文本中蘊含大量醫(yī)學專業(yè)知識和醫(yī)學術語。將實體識別技術與醫(yī)學專業(yè)領域結合,利用機器讀取醫(yī)學文本,可以顯著提高臨床科研的效率和質(zhì)量,并且可服務于下游子任務。但要想讓機器“讀懂”醫(yī)學數(shù)據(jù),核心在于讓計算機在大量醫(yī)學文本中準確的提取出關鍵信息,這就涉及到了命名實體識別、關系抽取等自然語言處理技術。

命名實體識別(Named Entity Recognition, NER)和關系抽。≧elation Extraction, RE)是信息抽取(Information Extraction,IE)的兩大核心任務。命名實體識別旨在抽取所需實體,以醫(yī)療領域為例,需要從非結構化醫(yī)學文本中找出醫(yī)學實體,如疾病、癥狀的過程;實體關系抽取則需要同時提取出醫(yī)學實體及實體間的關系信息,即實體關系三元組 [頭實體 (subject), 關系(predicate), 尾實體(object)]。

讓機器“讀懂”醫(yī)療 天衍實驗室獲CHIP2020評測兩大獎項

實體關系三元組示意

在兩大評測任務中,騰訊天衍實驗室從數(shù)據(jù)和模型層面做出了針對性設計。在命名實體識別任務中,天衍實驗室使用的數(shù)據(jù)集由北京大學等院校及科研單位智慧醫(yī)療課題組聯(lián)合構建;卺t(yī)療領域?qū)I(yè)性、準確性的高標準要求,及目前命名實體識別任務存在的實體頻次稀疏和實體長度偏長問題,天衍實驗室采用指針解碼的特殊方式,對單個實體的頭尾位置進行解碼,經(jīng)過試驗證明,該方法在較長實體中的表現(xiàn)確有明顯提升。同時,天衍實驗室基于自身在醫(yī)療領域的經(jīng)驗,嘗試結合大量醫(yī)療文本訓練領域自適應的新預訓練模型,進一步提升了模型表現(xiàn)。最終在評比測試集上,結合多種不同策略,天衍實驗室以F1值68.35獲得第一名。

實體關系抽取評測任務的數(shù)據(jù)來源于中文醫(yī)學信息抽取數(shù)據(jù)集CMeIE,也是目前最大的中文醫(yī)學關系數(shù)據(jù)集。因該數(shù)據(jù)中存在大量實體重疊和關系重疊的現(xiàn)象,天衍實驗室則采用了層疊指針網(wǎng)絡的基礎架構。首先通過兩個二值分類器提取頭實體的首尾位置,繼而采用Conditional layer normalization的方式融入頭實體信息,再針對每種關系,分別預測對應的尾實體。此外,為了更好地利用醫(yī)療詞匯的語義信息,天衍實驗室在輸入層融入領域詞向量,有效提升了實體邊界預測的準確率。最終在測試集上取得單模型第一(F1 61.70),融合模型(F1 63.87)第二的成績。

騰訊天衍實驗室基于自身NLP能力和相關科研成果,不斷通過一系列信息抽取相關競賽測試、突破,不僅累積了豐富場景應用經(jīng)驗與方法,也將更好的輔助醫(yī)療行業(yè)技術升級和科研進步。

技術創(chuàng)新助力AI更“懂醫(yī)”

在醫(yī)療領域,電子病歷、生物醫(yī)療文獻中存在大量的非結構化文本,采用信息抽取技術對醫(yī)療文本進行結構化,提取其中的疾病,癥狀,部位等實體,并對實體之間的關系進行判斷,進而利用這些信息構建醫(yī)療知識圖譜,不僅有利于人工智能更好地學到領域內(nèi)的專業(yè)知識,更進一步提升導診、輔診、疾病預測等下游醫(yī)療任務的性能。

具體來說,醫(yī)生在疾病診斷的過程中,不僅要知道患者的癥狀,而且要了解患者不同癥狀所對應的具體屬性,例如癥狀發(fā)生的時間、部位、變化情況。天衍實驗室AI導診和疾病預測功能,正是采用了上述信息抽取技術,可模擬醫(yī)生診斷過程,并提供循證路徑和一定的可解釋性。

如在AI導診場景中,當用戶輸入主訴,AI導診小程序可以返回推薦科室。用戶主訴中可能包含多個癥狀,不同癥狀的時間、部位、嚴重程度、病因誘因可能對應不同的疾病,通過關系抽取技術,可以捕捉到不同癥狀的具體屬性,從而有助于更精準的疾病預測和科室推薦。對于下圖中的患者主訴,首先采用ner技術提取癥狀、檢查等實體,繼而采用關系抽取技術對不同癥狀的具體屬性進行判斷,例如癥狀“腹脹不適”,對應的部位為“上腹”,時間為“3月余”,變化條件為“進食后明顯”,理解了癥狀的一系列細粒度屬性,才能進一步判斷可能的疾病和對應科室。

讓機器“讀懂”醫(yī)療 天衍實驗室獲CHIP2020評測兩大獎項

關系抽取演示圖

騰訊天衍實驗室致力于長期在自然語言基礎、語言理解、信息抽取、知識圖譜構建等進行研究創(chuàng)新,并將成果運用到落地的醫(yī)療自然語言等場景,目前已構建醫(yī)療行業(yè)大規(guī)模知識圖譜,支持了數(shù)百家醫(yī)院的輔診、導診、疾病輔助診斷、智能用藥等產(chǎn)品,助力醫(yī)保、醫(yī)院、疾控中心和其他醫(yī)療機構的智能化知識挖掘和管理難題,實現(xiàn)知識化轉型。

騰訊天衍實驗室專注于醫(yī)療健康領域AI算法研究及落地,旨在依托NLP、知識圖譜、大數(shù)據(jù)、醫(yī)療影像等技術系統(tǒng),將算法能力輸出到騰訊健康小程序、QQ瀏覽器、微信搜一搜等終端應用。與此同時,騰訊天衍實驗室還與鐘南山院士以及復旦腫瘤醫(yī)院等頭部醫(yī)院建立聯(lián)合實驗室,與牛津大學、佐治亞大學、天津大學、微眾銀行AI部門等單位建立長期科研合作關系,目前已發(fā)表包括NIPS、KDD等多篇頂級學術論文,通過聯(lián)合社會各界進行技術深入研究,騰訊天衍實驗室將進一步加速科研應用落地,以服務于臨床應用。

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